戰略防御思想
在軍事戰略方面，茅元儀注重邊海江防，關注戰略防御。明代后期，西北邊防、東南海防和江防都受到了嚴重的威脅，而這些地方的守備設施又因多年失修而罅漏百出。為此，茅元儀在《武備志》中多處闡述了加強國防建設的建議，主張實行邊、海、江防并重的國家防御戰略。他認為，國防建設的重點有三：“曰邊、曰海、曰江?！边叿赖闹攸c在廣袤曲折的西北，綿延數千里，應當“選將練兵，時謹備之”，要隨地建堡，堅壁清野，人自為守，以保護邊民生命財產的安全。海防的重點在東南沿海，對日本窺伺我國的野心要嚴加防范，預先做好充分準備，務必要將入侵之敵“拒之于?！?。與此同時，他還針對當時忽視江防，認為江防可緩作防備的思想，特別強調了加強江防的重要性。他指出：“迫海而亙中區，外潰則為門戶，內訌則為腹心，故江之要與邊海均?！辈⒁锰祈樦?、鄭若曾、王鳴鶴等人《江防論》的觀點，將江防分為三重門戶，“門戶既固，堂奧自安”。這些有針對性的邊防觀點在當時是十分可貴的。
茅元儀還有很強的戰略憂患意識。在《占度載》中專門列出“四夷”部分，旨在讓中華之人詳細了解當時邊疆各國的軍事、風俗、地理等相關情況，以防止有朝一日面臨的邊境威脅。其在《占度載·度·四夷一》中說：“今天下承平，大患在于夷狄。夷狄之必難久懷，雖圣人復起，不能改也。故我考四夷，而諄諄焉?；枷葢]其大，故首以北虜?！泵┰獌x所說之四夷，涉及女真、朵顏三衛、日本、朝鮮等，他認為“臣叛亦何常，盛衰亦易改”。昔日的強者有可能變為弱者，成為明朝的屬臣；現在的弱者也可能有朝一日成為強敵，威脅邊境安全?！白顝娬弑碧?，而今冠帶而朝者五十載。女真一小夷耳，授官制貢，奴而使之，今頡頏一隅，騷動天下，此事之已著者也。日本雖屢肆啟疆，然志在通市，得其道，可頤指使之。朝鮮世為禮儀之邦，然積弱易降，不可相倚。北虜封貢已久，勢難復保。女真奴酋，非淵、勒之流，一將得人，指顧殲夷，此事之未著者?！逼湓凇度毡究肌分幸嘤小敖裎抑琳唪朊芤?，然似密而實疏。兵減于伍，將玩于法，器毀于敝，然猶可言也……今防汛者，以捕魚為業，而舟楫帆檣，敝者莫葺，缺者莫補，自失其險，寡將安弭，至于絕貢市，杜私販，固萬年長策哉。然亦未盡然也”。明確指出當時東南沿海地區對日本的防御過于疏漏，兵員不足，器械廢棄，民眾也沒有必要的防御意識。雖然朝廷禁絕貢市，禁止民間商貿，但亦非長遠之策，不能從根本上解決問題。琉球“亦協于倭，不以時至”。雖然表面上臣服中華，但是暗地里“禮義修于外，觀望存于中，我恃其服，彼恣其慢，異日隱憂”，隨時有可能聯合異族攻擊明王朝，不可不戒。所以，當朝者應該充分了解邊疆各國之詳細情況，制訂合理的戰略防御計劃，以防萬一。